Die Wirtschaftsjunioren Rupertiwinkel gehören dem Landesverband der Wirtschaftsjunioren Bayern an, mit mehr als 60 Juniorenkreisen und ca. 5.000 Mitgliedern. Darüber hinaus sind sie Mitglied der Wirtschaftsjunioren Deutschland (WJD) und der Junior Chamber International (JCI), dem Weltverband.

Die Basis der Kreisarbeit besteht aus der sechsköpfigen Vorstandschaft, die alle 2 Jahre von der Mitgliederversammlung gewählt wird. Der Vorstand entscheidet über die Einrichtung von Ressorts, Projekten und Arbeitskreisen und beruft einen Beirat, der sich aus erfahrenen Fördermitgliedern zusammensetzt, die dem Vorstand mit Rat und Tat zur Seite stehen.